В античността областта е обитавана от северният клон на тракийските племена - даките. Те са подложени на влиянието на скити, сармати и др. Близкото присъствие на Рим в късната античност тук се чувства, но римска власт е установена за кратко и то само номинално по черноморското крайбрежие ликвидирана от нахлулите в началото 4 век готите. От края на 4 век територията на Молдова е част от империята на хуните. По това време областта става част от племенната територия на славянската племенна група на антите. След разпадането на хунската държава в средата на 5 век в тези земи господстват българите и аварите, като за известно време е под контрола на силния Аварски каганат. След отхвърляне на зависимостта от Авария в 630 г. и основаването на Велика България започва установяването на българска власт над Молдова. От времето на основаването на Българската държава през 681 г., територията на днешна Молдова става част от Българската държава. Българите упорито отбраняват тази своя територия от настъпващите хазари.
В 1241 г. татарите на хан Бату я откъсват от Търново и установяват господството на Златната орда тук. Към 1345 г. Унгария разбива татарите и завладява тези земи. За пръв войвода, който да управлява новообразуваното Молдовско княжество и като наместник на унгарският крал Людовик I Велики е изпратен Драгош Войдода, болярин на карпатското княжество Велики Муреш (Марамарош). В Карпатите от Велики Муреш идва войводата Богдан I - основателят в 1359 г. на независимото княжество в дн. Молдова. По него областта столетия е известна като Богданско. В 1365 г. Унгарският крал признава независимостта на княжеството със столица крепостта Бая на река Шуговица, впоследствие Сирет при сливането на реките Тиса и Муреш. Той емитира първите монети на княжеството.
Към 1373 г., при наследника на Богдан І - войводата Владислав (Лацко), княжеството се сдобива и със свой православен епископ, който резидира в гр. Белград на Днестър. Старобългарският е официалният църковен език. До края на самостоятелния живот на княжеството азбуката екирилицата. По политически съоръжения в новообразуваната в 1859 г. румънска държава тя започва да се заменя с латиница към 1865 г. До тогава в румънския език думите с латински произход са едва около 20%, но и до днес в сепаратисткия приднестровски край на страната латиницата не е наложена. В 1395 г., Молдовското княжество попада под върховенството на полската корона в полско-литовската държава Жечпосполита. От 1420 г. турците започват завоюването на княжеството. В 1456 г. то се подчинява като васал на турците и започва да плаща годишен данък. В 1484 г. пада Молдовското черноморското крайбрежие с крепоститеБелград Днестровски и Килия. В 1503 цяла Бесарабия е предадена под турска власт. В 1538 г. княжеството окончателно е окупирано от турските войски и Султана започна да назначава новия княз. Тогава е отнета Тигина и приднестровския район става турски санджак Бендери. Султанът титулува управляващите князе "Каймакан на Молдова". Турците все пак не превръщат цяла Молдова в санджак и някаква автономия оцелява, така в княжеството често успяват да се месят съседните християнски страни.
Приднестровие
Приднестровски конфликт (на молдовски език - Conflictul din Transnistria, на руски език - Приднестровский конфликт) е въоръжен конфликт между Молдова и непризнатата държава на нейна територия - Приднестровска Молдовска Република (Приднестровие), под чийто контрол се намира основно левия бряг на река Днестър, район населен с молдовци, украинци и руснаци.
Конфликтът започва още през съветската епоха (1989), след като Молдова, обявява независимост, решава да въведе за официален румънски език а и по това време желанието на повечето молдованци е страната да се обедини с Румъния. Това води до въоръжена конфронтация с много жертви и от двете страни (пролетта и лятото на 1992 година). Военни камиони на моста между градовете Тираспол и Бендери.
Военните действия са прекратени, благодарение на намесата на Русия.
Руски войски под командването на генерал-лейтенант Александър Лебед се намесват в конфликта на страната на Приднестровската република, атакуват молдованците, и ги принуждава да се оттеглят, а след това подписват споразумение за мир.
Молдова междувременно многократно отправя искания за незабавно изтегляне на руските войски от района.
Към момента (2008) сигурността в района на конфликта се подсигурява от съвместни мироопазващи сили на Русия, Молдова, Приднестровската република и военни наблюдатели от Украйна. По време на многобройните разговори, с посредничеството на Русия, Украйна и ОССЕ, опитите да се постигне споразумение за статута на Приднестровието се провалят.
