Съгласно популярната легенда, през 1291 г. представители на три кантона - Ури, Швиц иНидвалден, подписали Федералната Харта. Хартата обединила включените страни в борба срещу чуждото господство на Хабсбургите, които били на немския трон на Свещената Римска империя. В битката при Моргартен на 15 ноември 1315 г. швейцарската армия победила хабсбургската и така осигурила полуавтономия на швейцарската Конфедерация. Автентичността на Федералната харта е оспорвана от много историци. За пръв път за митичното събитие се споменава през 1470 г. в Бялата книга от Зарнен (без обаче то да бъде датирано). През 16-и век историкът Егидиус Чуди за пръв път датира събитието, което според него се е случило на 8 ноември 1307 г.
Реформация и независимост (1523 - 1848)
Улрих Цвингли дава началото на Реформацията в Швейцария през 1523 г., като Цюрих и още 5 кантона приемат протестантството, а другите остават католически. Това довежда до кратки междуособни войни между кантоните, познати като Капелови войни — първата е през 1529 г. и е почти безкръвна, докато по време на втората (през 1531 г.) се водят активни сражения между протестанския Цюрих и католическите Цуг, Швиц и Ури. Победата на католиците във Втората Капелова война дава началото на контрареформаторски политики в Швейцария. Схизмата между католици и протестанти на практика парализира външната политика на държавата до 18 век. Въпреки това Швейцария успява да запази неутралитет по време на Тридесетгодишната война, отчасти заради зависимостта на европейските държави от швейцарските наемници. Законодателният орган на швейцарската конфедерация по това време — т.нар. Тагзатцунг се обявява против участие на конфедерацията във военни действия и отказва преход на войски от други държави през територията си. Единственото изключение е направено за Анри дьо Роан, комуто е позволено да премине през протестантските кантони, за да стигне до Граубюнден. Граубюнден остава единственият швейцарски кантон, засегнат от войната, най-вече защото по това време не участва в Конфедерацията.
Съвременна Швейцария (1848 - днес)
През 1847 година католическите кантони сформират собствен съюз вътре в конфедерацията, което довежда до кратка гражданска война с протестантите (т.нар. Зонербундска война), която трае един месец и взима по-малко от 100 жертви. Това е последният значителен конфликт на територията на страната. На следващата година е приета федерална конституция, към която са нанесени поправки през 1874 г. Оттогава започва период на стабилност и икономически подем.
През Първата световна война европейските държави не поставят под въпрос неутралитета на Швейцария. През Втората световна война Нацистка Германия разработва планове за инвазия, но се отказва. Въпреки това страната се подготвя за нападение и създава добре организирана отбранителна мрежа. Швейцарската националсоциалистическа партия призовава за аншлус с Германия, но въпросът дори не бива поставен на дневен ред в политическите среди. По време на войната Швейцария е предпочитано място за стартиране на шпионски мисии и водене на преговори.
